Der Vorstand des MAV besteht aus fünf Mitgliedern, die von der Mitgliederversammlung für jeweils drei Jahre gewählt werden. Ehrenvorsitzender ist der / die amtierende Oberbürgermeister bzw. Oberbürgermeisterin der Stadt Mainz.

Dem Vorstand steht ein Beirat zur Seite. Dieser berät das Jahresprogramm und die Schwerpunkte der Vereinsarbeit. Für die Erledigung besonderer Aufgaben kann der Beirat Ausschüsse aus dem Kreis seiner Mitglieder bilden. Dem Beirat können maximal 17 Mitglieder angehören.

Mitglieder kraft Amtes sind: 

• die Kulturdezernentin / der Kulturdezernent der Stadt Mainz
• der wissenschaftliche Redakteur / die wissenschaftliche Redakteurin der Mainzer Zeitschrift
• die Direktorin / der Direktor des Landesmuseums Mainz
• der Direktor / die Direktorin der Stadtbibliothek
• die Leiterin / der Leiter der Außenstelle Mainz der Generaldirektion Kulturelles Erbe Rheinland-Pfalz, Direktion Landesarchäologie
• die Generaldirektorin / der Generaldirektor des Leibniz-Zentrums für Archäologie (bis 2022 Römisch-Germanisches Zentralmuseum)

Die übrigen Mitglieder des Beirats werden von der Mitgliederversammlung für jeweils drei Jahre gewählt. 

Auf Antrag des Vorstandes und nach Anhörung des Beirates

• können durch die Mitgliederversammlung Personen, die sich um dem Verein oder die Forschung besonders verdient gemacht haben, zu Ehrenmitgliedern ernannt werden, 
• kann Persönlichkeiten, Vereinen oder sonstigen juristischen Personen, die die Aufgabe des Altertumsvereins ideell oder materiell fördern oder ihm in langjähriger besonderer Zusammenarbeit verbunden sind, die Lindenschmit-Plakette verliehen werden.